《怪物少女》是一部融合奇幻、悬疑与成长主题的动画作品，讲述了在人类与怪物共存的世界中，一位拥有双重身份的少女如何揭开身世之谜并寻找自我认同的故事。故事背景设定在一个被“暗影裂隙”侵蚀的现代都市，怪物并非传统意义上的邪恶存在，而是某种能量失衡的产物。女主角莉娜白天是普通高中生，夜晚则化身为能操纵元素之力的“怪物少女”，这种双重生活让她陷入身份认知的挣扎，同时也卷入了人类与怪物族群间的古老冲突。
剧情主线围绕莉娜寻找母亲失踪真相展开。多年前，她的母亲作为顶尖科学家研究“暗影裂隙”时突然消失，只留下一本加密日记。莉娜在调查中发现，母亲的研究并非单纯的科学探索，而是涉及两个世界的平衡秘密。随着剧情推进，她逐渐解锁自身的怪物能力，并结识了来自怪物族群的盟友——包括能操控植物力量的守护者凯恩，以及擅长幻术的神秘向导艾拉。三人组成小队，在对抗企图利用裂隙能量统治世界的反派组织“暗夜教团”过程中，揭开了莉娜血脉中隐藏的创世者基因之谜。
人物关系网呈现多层次的羁绊。莉娜与人类挚友小悠的友谊线，展现了普通人对“异类”从恐惧到理解的过程；而她与凯恩从敌对到信任的关系演变，则隐喻着两个种族和解的可能性。反派首领雷克斯作为莉娜母亲的前同事，其黑化过程揭示了科学伦理与权力欲望的冲突。最核心的人物关系集中在莉娜与母亲跨越时空的精神联结——通过记忆碎片闪回，观众逐渐拼凑出母亲牺牲自我封印裂隙的真相，这种母爱的传承成为莉娜最终接纳双重身份的关键。剧中所有人物都围绕着“接纳不同形态的生命”这一主题，形成紧密的叙事网络。
作品通过三季剧情完成角色弧光：第一季侧重莉娜的能力觉醒与世界观构建，第二季深入探索怪物族群的社会结构，第三季则以解决裂隙危机收尾。每季都穿插着对“何为怪物”的哲学探讨，例如用人类对变异者的歧视暗喻现实社会中的排异现象。战斗场面不仅展现华丽的特效，更通过莉娜每次力量爆发时的人类形态与怪物形态切换，具象化她内心融合两个世界的成长历程。最终结局中，莉娜选择成为连接两个文明的桥梁，这个开放式的收尾为续作埋下伏笔，也呼应了作品关于包容与共生的核心命题。