《Y计划》是一部融合科幻与悬疑元素的影视作品，故事围绕一项名为“Y计划”的秘密科研项目展开。该项目旨在通过基因编辑技术突破人类生命极限，却在实验过程中引发了一系列不可预知的连锁反应。剧情从主角林深意外卷入实验事故开始，逐步揭开隐藏在科研背后的伦理争议、权力斗争与人性挣扎。
故事主线分为三层结构：表层是实验室突发危机引发的生存逃亡，中层是各方势力对实验数据的争夺与博弈，深层则探讨科技与道德边界这一哲学命题。剧中通过倒叙与插叙手法，逐步拼凑出“Y计划”从立项到失控的全过程，其中关键转折点包括第7集“基因裂变”事件、第12集“记忆移植”伦理听证会，以及第18集揭示项目创始人真实意图的档案解密。
人物关系网呈现放射性结构。核心人物林深（基因学家）与项目负责人陈默形成理念对立，前者坚持技术伦理底线，后者逐渐沦为权力附庸。实验体09号少女小雅作为关键线索人物，串联起军方代表赵将军、资本方代表沈氏集团、国际监察组织三股势力。值得注意的是，林深与助手苏晴的情感线暗含“人造记忆”伏笔，而清洁工老周看似边缘的角色，实为贯穿二十年前初代实验的“活体证据”。
剧中运用大量科学隐喻，如“蝴蝶基因”象征不可控的连锁效应，“记忆云图”暗指数字永生陷阱。第22集“镜像实验室”场景中，双生实验体的对照实验深刻揭示身份认知危机。最终结局采用开放式处理，在新型基因病毒扩散的背景下，主角团选择冻结所有实验数据，留下“人类该不该扮演造物主”的终极诘问。
该剧在科幻设定中嵌入了现实议题，如基因专利化引发的阶级分化、科技垄断下的信息黑箱等。通过多线叙事将个人命运与人类共同体命运交织，实验室密闭空间与末日废土场景的交替呈现，强化了技术异化主题。人物服装设计也暗藏玄机，反派角色的仿生纤维服饰与主角团的棉麻材质形成科技与自然的视觉对抗。