《水下之秘》是一部以深海探险为背景的科幻悬疑剧，剧情围绕一支科研团队在太平洋深渊的发现展开。故事始于海洋学家李维带领团队乘坐先进潜水器“深渊号”下潜至马里亚纳海沟，意外探测到异常生物信号。随着调查深入，他们遭遇了前所未见的发光生物群落，这些生物似乎拥有集体智慧，并能通过声波与人类进行初步沟通。然而，当团队试图采集样本时，潜水器遭到神秘攻击，与水面失去联系，由此揭开了一场关乎人类存亡的秘密。
剧情核心矛盾在于人类科技与自然奥秘的冲突。随着被困深渊的时间推移，团队发现这些生物其实是地球远古文明的守护者，它们保护着深海中的“生命源核”——一种能净化海洋污染的能量体。而反派势力跨国能源公司早已暗中跟踪，企图夺取源核制造生物武器。剧中通过倒叙手法穿插了李维父亲二十年前在同一海域失踪的往事，最终揭示父亲当年为保护源核而自我牺牲的真相，使科学与伦理的抉择成为贯穿全剧的暗线。
在人物塑造上，男主角李维是个理性至上的科学家，由演员张译饰演。他最初将深海视为纯粹的研究对象，但在与智慧生物“蓝灵”的接触中逐渐理解生命共生的意义，最终在父亲遗留的日记指引下，选择摧毁公司安装的采集装置。女主角陈雪是海洋生物学家（周迅饰），她敏锐察觉到生物的情绪波动，成为团队与深海文明沟通的桥梁，其随身佩戴的贝壳项链后来被证实是远古文明的信物。
反派角色能源公司总裁卡尔（约翰·马尔科维奇饰）代表着贪婪的人类中心主义，他操控的机械章鱼探测器与自然生态形成冰冷对比。而最令人印象深刻的配角是老舵手王海（李雪健饰），这个看似粗犷的退伍潜艇兵实则是李维父亲当年的战友，他暗中保护着源核秘密，最终为引导“深渊号”脱离漩涡而葬身发光水母群。剧中所有人物都在深蓝幽闭环境中经历了人性试炼，当潜水器的氧气含量降至15%时，每个角色做出的选择都折射出人类面对未知时的光明与阴暗。
该剧在科学细节上颇为考究，剧组咨询了中科院深海所的专家，潜水器内部构造参照了我国“奋斗者号”的设计。而发光生物的特效制作借鉴了现实深海生物的荧光机制，比如剧中被称作“海之瞳”的主生物体，其脉动光斑实际模拟了深海管水母的生物发光模式。这些严谨设定与哲学思考相融合，使《水下之秘》超越了一般冒险题材，成为探讨人类与自然关系的深度之作。