《破军X档案》是一部融合科幻、悬疑与动作元素的影视作品，其中“隐身人”作为关键剧情线索，贯穿故事始终。剧情围绕特殊调查组织“破军”展开，他们负责处理超自然事件与高科技犯罪。隐身人事件始于一系列离奇失踪案，受害者均在监控死角凭空消失，现场未留下任何痕迹。随着调查深入，破军小队发现隐身能力源于一项名为“光学折射涂层”的军用实验技术，该技术可通过特殊装置扭曲光线实现视觉隐身，但副作用会导致使用者精神逐渐崩溃。
剧情核心矛盾集中在隐身人真实身份的揭露过程。调查显示，隐身人实为前破军成员林浩，他曾参与光学涂层实验，因实验事故导致身体变异，获得永久隐身能力却无法逆转。林浩利用隐身能力报复当年掩盖实验真相的军方高层，同时试图摧毁相关技术资料。破军小队在追踪过程中，逐渐发现林浩的悲剧背后涉及权力斗争与伦理危机，隐身技术不仅被用于军事间谍活动，更被商业集团觊觎企图量产化。
人物关系网以破军小队队长萧宇与林浩的羁绊最为复杂。二人曾是军校同窗，林浩失踪后萧宇始终坚信其清白，直至发现隐身人真相陷入两难。副队长叶珊作为技术专家，负责破解隐身装置原理，其父亲正是当年实验的主导者，这使得她在道德与亲情间反复挣扎。反派阵营以军方代表郑将军为首，他为维护实验机密不惜灭口，而商业集团代表薇薇安则企图窃取技术牟利，多方势力交织形成暗流涌动的对抗格局。
剧情高潮部分，林浩在废弃实验基地设下陷阱，意图与所有知情者同归于尽。萧宇最终说服林浩，揭示军方已研制出反隐身探测装置，隐身技术即将失效。在终极对决中，林浩为保护破军小队数据而牺牲，临终前将实验核心密钥交给萧宇。结局处，破军小队公开实验真相迫使军方终止项目，但隐身技术的原始数据仍被秘密封存，为续作埋下伏笔。整部剧情通过隐身人事件，深刻探讨了科技滥用、人性异化与制度腐败的多重命题。